En 2017, 2,5 millions de bovins ont été élevés pour la production total de viande au Japon dont 65% pour la production de viande Wagyu. Le nombre d'exploitations japonaises élevant des bovins de boucherie diminue lentement et en 2017, 50 100 éleveurs produisaient de la viande bovine, chaque éleveur élevant en moyenne 50 bovins. Un total de 35,6% des bovins a été élevé dans l’île Kyushu et 20,7% à Hokkaido. En 2016, le Japon a importé 526 000 tonnes de bœuf, principalement des États-Unis, d'Australie et de Nouvelle-Zélande, tandis que 324 000 tonnes de bœuf ont été produites au Japon, ce qui signifie que le Japon a importé environ 62% de ses besoins en viande bovine. En 2016, le Japon a exporté environ 1 900 tonnes de viande de bœuf, soit moins 0,6% de sa production nationale.

Les quatre races destinées a la production du Wagyu sont maintenant considérées comme indigènes au Japon, mais en réalité elles sont issues de croisements faits il y a plus de cent ans.  En revanche Il existe deux populations isolées de bovins indigènes qui n'ont jamais été croisées avec des races européennes modernes : le bétail sauvage de l'île de Mishima 見島種 dans la préfecture de Yamaguchi, et un groupe de bovins sauvages sur l'île de Kuchinoshima 口之島牛 au sud-ouest de la préfecture de Kagoshima.

A l’origine les bovins ont été amenés au Japon en deux vagues depuis la Chine via la Corée en même temps que la culture du riz, et depuis la Mongolie et Sibérie par le Nord du Japon avec des chevaux. Le bétail était utilisé comme animaux de trait dans l'exploitation minière, la sylviculture, le transport, l'agriculture et la riziculture tandis que les chevaux étaient essentiellement utilisés par l'armée. Les bovins ont donc été sélectionnés pour leur endurance physique, et leur sélection et utilisation ont favorisé le développement d’animaux avec plus de cellules graisseuses intramusculaires - persillage - qui ont fourni une source d'énergie facilement disponible. La consommation de lait était inconnue et pour les raisons culturelles et religieuses comme mentionné précédemment et la viande n'était pas consommée officiellement.

Comme le Japon a été totalement isolé du reste du monde de 1635 à 1854, il n'y avait aucune possibilité d'intromission de gènes étrangers dans la population bovine pendant cette période. Entre 1868 et 1887, quelque 2 600 bovins étrangers ont été importés. Pendant plusieurs décennies avant 1910, il y avait un grand intérêt à importer des races européennes à croiser avec du bétail indigène. L'objectif fondamental était d'améliorer les souches indigènes à des fins de traction, mais une meilleure production de viande était également une considération. Entre 1900 et 1910, il y a eu de nombreux croisements avec le stock indigène et les races exotiques étaient extrêmement populaires. Le prix des animaux exotiques de race pure et croisée atteignait souvent des niveaux déraisonnables, jusqu'à ce que la bulle éclate en 1910. Après cette date, l'importation de races européennes se démode.

Après la Première Guerre mondiale, le gouvernement japonais a décidé d'encourager la sélection et l'enregistrement de bovins présentant des caractéristiques supérieures de types indigènes et étrangers. Il y avait un pool génétique considérable sur lequel s'appuyer, avec cette large gamme de sang européen introduite au Japon. Cette variation, ainsi que les différences originales entre les bovins indigènes, ont permis la sélection selon différents critères dans diverses régions du pays.